Os riscos de uma broncoscopia são pequenos. Durante o exame ou mesmo depois dele pode haver tosse e a anestesia da orofaringe pode provocar algum incômodo transitório. O risco maior, quando é retirado algum fragmento para exame, é a perfuração da árvore brônquica, com extravasamento de ar para fora dos pulmões, gerando um quadro clínico chamado de pneumotórax, o qual exige providências médicas posteriores.