Sim, são diagnósticos diferentes.
Os locais de ocorrência são diferentes, mas muitas vezes podem apresentar sinais clínicos semelhantes.
A hérnia cervical pode causar compressão da medula ao nível cervical, podendo além de dor, levar à parestesia (formigamento) ou perda de força no membro superior, dependendo do grau de compressão medular.
O desfiladeiro torácico ocorre pela compressão do plexo braquial (compressão de um conjunto de nervos) ou compressão vascular, já "fora" da coluna cervical e estas compressões podem ser dinâmicas, por compressão muscular, ou estáticas, por compressão por exemplo pela presença de costela cervical.
O diagnóstico da Síndrome do desfiladeiro torácico é de exclusão, devendo ser investigadas antes do diagnóstico conclusivo outras patologias, pois apesar de apresentar algumas vezes, sinais muito semelhantes ao da hérnia cervical, por exemplo, necessita no entanto de tratamento diferente.