Olá, como você está?
Os sintomas de dor + vermelhidão + lacrimejamento podem sugerir conjuntivite, mas também podem simular outras alterações mais sérias. Como seu filho iniciou quadro de dor, mesmo em uso da medicação, sugiro que procure o especialista novamente.

Devem ser cistos de glândulas sudoríparas.

Sim. Leve-o para exame oftalmológico.

Você pode estar apresentando uma conjuntivite ou um quadro de olho seco. Precisa ir a uma consulta com um oftalmologista. Por enquanto, faça a higiene com soro fisiológico, uso de lenços descartáveis, além de evitar passar a mão nos olhos. Essas poderão ser medidas úteis.

Nuvem escura pode ser várias coisas, como catarata, moscas volantes, descolamento de retina, dentre outros. Algumas dessas doenças são graves e somente com exame oftalmológico, que inclua fundo de olho, é possível determinar a causa exata e fazer o tratamento. Não postergue a consulta com seu oftalmologista.