A sertralina, sobretudo no início do tratamento, pode levar a dores de cabeça que, geralmente, podem ser controladas com medicações habituais para cefaleias (a critério médico). Entretanto, dores de cabeça podem ter muitas causas, de modo que é importante você consultar seu médico, porque daqui, à distância, não é possível saber qual a verdadeira causa de suas dores e, portanto, qual seria o melhor tratamento.

Procure um bom pediatra primeiramente. Se necessário ele irá te encaminhar para o especialista. Quanto antes souber e iniciar o tratamento, melhor para o desenvolvimento de seu filho, se realmente for autismo. Mas... pode não ser... Só um profissional colhendo história e examinando poderá orientar o que fazer.

Não é possível avaliar o tratamento da sua mãe num site de internet (como este no qual escrevo). Você deve procurar o médico de sua mãe e pedir que lhe explique o tratamento em detalhes e diga a ele o que você tem percebido nela e porque acha que não está melhorando. É possível que apenas seja necessário esperar mais para os remédios agirem por completo. É possível que somente haja uma necessidade de ajuste de doses. Cabe ao médico decidir e explicar a vocês.