Poder até pode, mas é IMPOSSÍVEL falar isso fora de consulta. O FAN é um exame de RASTREIO (ou seja, não consegue confirmar nenhuma doença). O aspecto que você está descrevendo de sintomas pode sim fazer parte de uma doença autoimune e recomendo fortemente investigá-la.
Não há restrição de tratamento do lúpus para pacientes com obesidade. Algumas medicações que são utilizadas no lúpus, como corticóides, podem piorar algumas condições de quem tem obesidade, talvez aí esteja o receio do reumatologista.