A fissura anal pode ocorrer em virtude de qualquer trauma que afete o ânus e provoque um esgarçamento dele. O trauma mais comum são fezes volumosas e endurecidas que provocam um estiramento, além do limite da mucosa anal, durante a evacuação, mas pode ser também devida a qualquer causa que implique a passagem de objetos de grande diâmetro pelo ânus. Pacientes com antecedentes de hemorroidas apresentam maior risco de fissuras anais. Elas podem acontecer em qualquer idade: em bebês são extremamente comuns, em pessoas adultas podem ser causadas pela passagem pelo ânus de fezes duras e volumosas ou por diarreias prolongadas, em idosos, podem ser consequência da diminuição do fluxo sanguíneo na região anal. São também comuns em mulheres após o parto e em portadores da doença de Crohn.