Boa noite. Essa pergunta é um pouco abrangente e com poucos dados, pois a conduta em qualquer lesão ovariana vai depender de múltiplos fatores, que vão desde sua idade até características ultrassonográficas do ovário envolvido.
Vou supor a situação mais comum na prática clínica envolvendo o assunto.
"Mulher jovem em idade fértil sem sintomas, com cisto ovariano simples (apenas líquido no seu interior) de 4 cm".
Sem sintomas e pelo tamanho do cisto o risco de torção ovariana é raro, e quando definimos a imagem como um cisto simples o risco de doença maligna (câncer) é muito raro, com a taxa de regressão alta. Logo, a melhor conduta seria expectante (acompanhamento), com a realização de exames periódicos para o ovário.
E o anticoncepcional? Ele atua basicamente para evitar o aparecimento de novos cistos e assim não gerar confusão na conduta do caso. Nenhum estudo mostra que as taxas de regressão são maiores nas pacientes com cisto e em uso de anticoncepcional quando comparadas ao grupo controle.
Seu médico deverá ser consultado para melhor acompanhamento e decisão da conduta.

Deve continuar a investigação. Agende nova consulta e informe que o medicamento prescrito não fez efeito. Provavelmente seu médico pedirá novos exames.