No NIC II, existe várias possibilidades de tratamento. Isso irá depender da extensão e localização da lesão sempre guiada pela colposcopia e biópsia. Podem ser feitos: Cirurgia de alta frequência, conização ou utilizar métodos destrutivos como o Laser de Co2. Como qualquer lesão por HPV induzido, vai ser necessário seguimento para controle, pois mesmo que seja removida a lesão com margens livres na conização, as lesões podem voltar dependendo do estado imunológico da pessoa. Por isso, recomenda-se acompanhamento com citologia cervical e colposcopia após o procedimento proposto (a 3 ou 6 meses podendo variar de acordo com a necessidade médica).