A solução da hidronefrose tanto envolve o tratamento do acúmulo de urina quanto de suas causas e por isso exige recursos variados. A urina acumulada deve ser drenada o mais depressa possível se a função renal diminuiu, a infecção persiste ou a dor se torna muito forte. Na hidronefrose crônica é importante corrigir a causa da obstrução urinária. Uma cirurgia pode ser necessária para corrigir anormalidades dos ureteres. O tratamento pode incluir medicamentos ou dilatação da uretra por meio de dilatadores mecânicos. Podem ser necessários outros tratamentos, como a litotripsia (fragmentação dos cálculos renais por meio de ondas sonoras) para os cálculos que estejam obstruindo a passagem da urina.