O FAN é um exame de rastreamento para algumas doenças autoimunes, mas o resultado deste único exame não é suficiente para se concluir nenhum diagnóstico. Uma avaliação criteriosa de sintomas, alterações ao exame físico e de outras análises laboratoriais é necessária para que se complete os critérios de uma doença autoimune. O FAN só deve ser solicitado quando o médico já tem alguma suspeita em mente, mediante as queixas apresentadas pelo paciente ou alterações já presentes em outros exames. Nunca deve ser feito como um exame de rotina, já que até 25% da população pode apresentar uma FAN reagente sem significado clínico (sem doença associada a ele).